尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实

故事发生在《新蝙蝠侠》事件的一周后。讲述企鹅人（科林·法瑞尔ColinFarrell饰）于哥谭市地下社会的崛起经历。